A ver, Osaka y Kyoto están a 5 min en tren, con lo cual es un objetivo a tener en cuenta, el problema es que en Kyoto la mayoría de los templos cierran a las 5-6 incluso algunos a las 4 con lo que si vas por trabajo, no se si te vendrán bien... hombre, acercarte a Kyoto a ver aunque sea Gion, o por la noche pasarte por Pontocho a tomar algo, el Fushimi Inari (el templo con los millones de toriis) siempre esta abierto, la estación central,... a kyoto hay que ir, hay muchas cosas que ver, aunque el pabellon dorado, el Kiyomizu, el Sangusangendo, y demás estarán cerrados por esas horas. (si quieres más info sobre algo en particular de Kyoto pregunta)
Bueno, también tienes Nara, que me parece que también sigue los horarios de Kyoto, aunque no lo se seguro, el Todaiji seguro que cierra a las 5.30, pero por Nara puedes darte una vuelta, tienes el edificio de madera más antiguo del mundo, y un par de distritos medievales que merecen la pena ver.
Una opción interesante es ir al monte Koya, lo he estado mirando para mi viaje en agosto y es un buen sitio. Es un monte plagado de templos donde por 9000-10000 yenes puedes pasar la noche, con cena y desayuno incluidos, es una buena escapada, y está muy bien de precio. Te dejo la web:
http://www.shukubo.jp/eng/index.html
Y desde Osaka, no te pierdas Osaka, ya hemos comentado algo de Osaka en el foro, echale un ojo (http://www.viamedius.com/foro/lejano_oriente/Que_hacer_en_Osaka/387) y para mas info, tienes este post abierto.
Himeji está bastante cerca, con lo que pasarte a ver el castillo no creo que suponga mucho tiempo, es muy recomendable, pero yo lo pondría por detrás de Nara y Kyoto.
Kobe está bien, es una ciudad que ha tendido a modernizarse y tiene sus mezclas extrañas, como le pasa en mayor medida a Nagoya. Tienes para ver el puerto con sus edificios modernos y el Harborland, y el puente en suspensión mas grande del mundo, que no es poco. Además puedes pasarte a probar la cara (y en algunos sitios no tanto) ternera de Kobe acompañada con uno de sus sakes (que son bastante famosos) en el distrito de Nada. Kobe como ves, está bien, puedes pasarte un día, depende de tus preferencias claro, pero yo pondría por delante al resto.
A ver, voy acabando. De Okayama, Hiroshima, y Miyajima, no es que estén lejos, con los shinkansen, nada está lejos pero si tu tiempo es limitado y no has estado en Tokyo,... para ir hasta Miyajima, vete hasta Tokyo. De Okayama te aviso, en verano la invaden los turistas japoneses, y el Korakuen, los jardines impresionantes, los cierran a las seis. http://www.okayama-korakuen.jp/info/pamphlet_en.pdf
Pero vamos, yo creo que tu debes ir viendo el tiempo que tengas, todos los sitios que mencionas tienen sus cosas para ver, Kobe, Okayama, Himeji, Nara, estos en un día puedes con tranquilidad pasarte por allí, pero Kyoto tiene más que ver, y para el resto, el problema de las distancias existe, aunque es más el precio de los trenes, si no tienes el Rail Pass.
Una ultima cosa, si no te sacas el Rail Pass, hay unas tarjetas que son básicamente dinero electrónico para el transporte y te puede venir muy bien, más que nada por comodidad, en tu caso serían las Icoca Card
http://www.japanrail.com/pdf/news/ic_card.pdf